La Canée utilise un seul terminal, plus petit et d'aspect moderne, dans lequel il est très facile de naviguer. Les distances jusqu'aux avions sont courtes, mais il faut s'attendre à des foules plus importantes en été dans une zone relativement petite.
L'enregistrement pour les vols à destination et en provenance de l'espace Schengen se fait dans un hall commun. La distribution se fait après le point de contrôle de sécurité commun, certaines portes étant situées après le contrôle des passeports, d'autres non.
Les salles de départ et d'arrivée se trouvent au rez-de-chaussée.
L'aéroport ferme entre la dernière et la première arrivée. Les heures d'ouverture habituelles sont de 4h00 à 0h00.
