La Canée dispose d'un seul terminal, petit et d'aspect moderne, dans lequel il est très facile de s'orienter. Les distances jusqu'aux avions sont courtes ; pendant la saison estivale, attendez-vous à une forte affluence dans un espace relativement restreint.

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L'enregistrement pour les vols à destination et en provenance de l'espace Schengen s'effectue dans un hall commun. Les passagers ne sont séparés qu'après avoir franchi le contrôle de sécurité commun ; certaines portes d'embarquement se trouvent au-delà du contrôle des passeports, tandis que d'autres n'y sont pas.

Les halls des départs et des arrivées se trouvent tous deux au rez-de-chaussée.

L'aéroport ferme entre la dernière et la première arrivée ; les horaires d'ouverture sont généralement de 4 h à minuit.