L'unique terminal de l'aéroport d'Héraklion semble désuet et, en été, il est très encombré. Cependant, il n'est pas difficile de s'orienter et les distances entre l'enregistrement et les avions sont courtes.
L'aérogare se compose d'un seul rez-de-chaussée. La plus grande partie est réservée aux comptoirs d'enregistrement et aux départs, seule une petite section à l'extrême gauche sert aux arrivées.
En été, il faut s'attendre à une pénurie de sièges et à des files d'attente à la sécurité pouvant aller jusqu'à 40 minutes.
Transfert entre les vols
L'aéroport d'Héraklion n'est pas une plate-forme de transfert et ne dispose donc pas d'une option de transfert direct dans la zone de transit.
Si vous effectuez un transfert à Héraklion par vos propres moyens, vous devez sortir, vous enregistrer à nouveau et repasser la sécurité.