Officiellement baptisé en l'honneur de Nikos Kazantzakis, cet aéroport est le plus grand de Crète. Pendant la saison estivale, il accueille de nombreux vols charters ; le reste de l'année, il est principalement desservi par des vols en provenance d'Athènes et d'autres villes grecques.

À première vue, l'aéroport d'Héraklion semble plutôt désuet et ses installations ne sont plus vraiment adaptées aux opérations modernes.

En 2017, la décision définitive a été prise de construire un nouvel aéroport moderne ; la date d’achèvement a été reportée à plusieurs reprises et son ouverture est actuellement prévue pour la fin de l’année 2026 ou le début de l’année 2027.

Pour se rendre dans l’ouest de la Crète, l’aéroport de La Canée constitue une alternative viable.

D’avril à octobre, l’aéroport accueille de nombreuses compagnies aériennes venues de toute l’Europe, avec des vols réguliers et des vols charters à destination des quatre coins du continent.

Le réseau de liaisons le plus étendu au départ d’Héraklion est assuré par les compagnies aériennes suivantes :

• Aegean Airlines: liaisons toute l’année, plusieurs fois par jour, vers Athènes + vols directs saisonniers en été vers toute l’Europe
• Sky Express: liaisons toute l’année vers Athènes, Thessalonique et d’autres îles grecques + vols directs saisonniers vers toute l’Europe pendant l’été
• Jet2.com: les liaisons les plus fréquentes vers de nombreuses villes britanniques
• Eurowings: vols vers de nombreuses villes allemandes
• Volotea: vols directs vers Athènes, l'Italie et la France
• TUI: nombreuses liaisons vers le Royaume-Uni, les Pays-Bas, la Belgique et l'Allemagne
• easyJet: vols vers plusieurs villes du Royaume-Uni, la France et la Suisse
• Wizz Air: liaisons régulières vers l'Europe de l'Est
• Ryanair: un nombre de vols relativement limité par rapport aux autres compagnies, par exemple vers Bergame, Vienne, Berlin ou Bruxelles