Le climat de Molokai est tropical et agréable tout au long de l'année. Les températures varient peu tout au long de l'année, les seules différences étant des vents plus forts en automne et en hiver, mais ceux-ci sont plutôt rafraîchissants compte tenu des températures estivales.

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En raison de la géographie de Molokai, avec une partie ouest plus plate et une partie est très montagneuse, il pleut beaucoup moins dans l'est de l'île que dans l'ouest, où, surtout dans les montagnes, des averses tombent tous les jours pendant toute l'année.

Cependant, même dans sa moitié ouest dénudée, Molokai n'est pas une île complètement aride.

Lestempératures hivernales moyennes se situent entre 25 et 26 °C, tandis que les températures estivales se situent entre 28 et 30 °C. Il pleut nettement moins sur Molokai, ou sur les parties accessibles à l'homme, que sur les autres îles hawaïennes.